Avtogeni trening (AT) je v zgodnjih letih 20. stoletja razvil psihiater in nevrolog dr. Johannes Schultz.
Na Schultza je močno vplivalo delo Oscarja Vogta, psihiatra in nevrofiziologa, ki je svoje življenje posvetil psihosomatski medicini. V svojih raziskavah je Vogt zapisal, da so se po hipnozi posamezniki počutili dobro, glavoboli, utrujenost in tesnoba so počasi izginjali, poleg tega pa so posamezniki tudi občutili težo in toploto v udih.
Schultz je sistematično iskal odgovor na vprašanje, če bi lahko osebe dosegle isto stanje, tudi če ne bi bile hipnotizirane. Namesto hipnoze, bi si ponavljale, da čutijo težo in toploto v udih. Ugotovil je, da s pomočjo pasivne koncentracije in preprostimi formulami lahko čutijo težo in toploto. Svoje ugotovitve je Schultz leta 1912 objavil kot Autogenic Organ Exercises.
Leta 1932 je izdal prvo edicijo knjig Autogenic Therapy, s katero je detajlno opisal šest standardnih vaj avtogenega treninga, ki še danes predstavljajo jedro AT. V poznih 40. letih 20. stoletja je Schultzov študent postal dr. Wolfgang Luthe, ki je raziskoval psihosomatsko medicino in avtogeni trening. V 50. letih je Luthe emigriral v Montreal (Kanada), kjer je nadaljeval z raziskovanjem avtogenega treninga kot profesor psihofiziologije na univerzi v Montrealu.
Schultz in Luthe sta sodelovala pri pisanju zbirke knjig, v kateri sta predstavila vse vidike avtogenega treninga. Leta 1969, leto pred Schultzovo smrtjo, sta izdala dodatnih 5 knjig, ki sestavljajo bazno delo o avtogenem treningu. Od takrat je bilo več ponatisov in dela so izšla v devetih jezikih. Leta 1978 sta dr. Malcolm Carruthers in psihoterapevtka Vera Diamond, ki sta študirala pri dr. Lutheom v Montrealu, avtogeni trening pripeljala v Veliko Britanijo. Leta 1984 je bil ustanovljen British Autogenic Society (BAS).
Avtogeni trening se sedaj poučuje v nekaj državah po vsem svetu, vendar v večji meri predvsem v Evropi in na Japonskem. V centrih, kot je Schultzov inštitut v Berlinu in Oskar Vogtov inštitut na Kyushu, Univerzi na Japonskem, potekajo temeljne raziskave s področja avtogenega treninga.